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苹果手机清理短信的方法有多种，以下是几种常见的方式。
手动删除短信
1、打开“信息”应用。
2、找到需要删除的短信，向左滑动即可出现“删除”按钮，点击“删除”按钮即可将该短信删除，如果要删除多条短信，可以点击右上角“编辑”，然后选择要删除的短信进行批量删除。
方法二：使用iCloud备份覆盖现有数据
如果手机中的短信较多，手动删除比较麻烦，可以选择使用iCloud备份来覆盖现有数据，具体操作如下：
1、找到手机中的“设置”，点击最上方的Apple ID选项。
2、在Apple ID界面选择“iCloud”，然后找到并打开“信息”选项，这样，手机中的短信就会同步到iCloud备份中，当备份完成后，可以将手机中的所有短信一次性删除，然后从iCloud备份恢复，需要注意的是，此方法会删除手机上的所有数据，请谨慎操作。
方法三：使用第三方软件清理短信
还可以下载并使用第三方软件来清理短信，如腾讯手机管家等，这些软件可以帮助用户快速清理手机中的短信和其他文件，但需要注意的是，使用第三方软件可能存在风险，建议谨慎选择并仔细阅读软件的使用说明和注意事项。
无论使用哪种方法清理短信，建议在清理前备份重要信息，以免误删造成不必要的损失。